Επίσης, ο συντονισμός των:
και
α) με το Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής (Ι.Ε.Π.), από το οποίο και υποστηρίζονται ιδίως σε επιστημονικά και παιδαγωγικά θέματα, όπως αυτά της εισαγωγής και εφαρμογής νέων εκπαιδευτικών πολιτικών, προγραμμάτων σπουδών, παιδαγωγικής έρευνας, ενταξιακής εκπαίδευσης, επιμόρφωσης εκπαιδευτικών, καθώς και στο πλαίσιο της οργάνωσης και υλοποίησης κεντρικά σχεδιασμένων επιμορφωτικών προγραμμάτων,
β) με τα Κ.Ε.Σ.Υ., Κ.Ε.Α. και Ε.Κ.Φ.Ε. της περιοχής αρμοδιότητάς τους και
γ) με τα Ακαδημαϊκά Συμβούλια Ανώτατης Εκπαίδευσης και Έρευνας (Α.Σ.Α.Ε.Ε.), με τα οποία επεξεργάζονται και συνδιαμορφώνουν προγράμματα συνεργασίας των σχολικών μονάδων, των Ε.Κ., των Κ.Ε.Σ.Υ., των Κ.Ε.Α. και των Ε.Κ.Φ.Ε. της περιοχής αρμοδιότητάς τους με τα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα (Α.Ε.Ι.) της οικείας περιφέρειας.
Η οργανωτική διάρθρωση του ΠΕ.Κ.Ε.Σ. περιλαμβάνει:
α) την Ολομέλεια,
β) τον Οργανωτικό Συντονιστή και τον αναπληρωτή του,
γ) τους Συντονιστές Εκπαιδευτικού Έργου και
δ) το διοικητικό προσωπικό γραμματειακής και τεχνικής υποστήριξης, το οποίο τοποθετείται από τον Περιφερειακό Διευθυντή Εκπαίδευσης