Η Περιφερειακή Διεύθυνση Εκπαίδευσης Νοτίου Αιγαίου εδρεύει στη Σύρο και έχει υπό την εποπτεία της το σύνολο των δομών εκπαίδευσης της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου. Συγκεκριμένα, εποπτεύει τις τέσσερις (4) Διευθύνσεις Εκπαίδευσης Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Κυκλάδων και Δωδεκανήσου, τα πέντε (5) Κέντρα Διεπιστημονικής Αξιολόγησης, Συμβουλευτικής και Υποστήριξης (ΚΕ.Δ.Α.Σ.Υ.) Σύρου, Νάξου, Ρόδου, Κω και Καλύμνου, τα τρία (3) Κέντρα Εκπαίδευσης για το Περιβάλλον και την Αειφορία (ΚΕ.ΠΕ.Α.) Σύρου – Ερμούπολης, Κορθίου Άνδρου και Πεταλούδων Ρόδου, καθώς και το Κέντρο Καινοτομίας Νοτίου Αιγαίου.