Η Περιφερειακή Διεύθυνση Εκπαίδευσης Νοτίου Αιγαίου εδρεύει στη Σύρο και έχει υπό την εποπτεία της τα σχολεία των 4 Διευθύνσεων Εκπαίδευσης Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Κυκλάδων και Δωδεκανήσου και όλους τους υπόλοιπους φορείς εκπαίδευσης στο Νότιο Αιγαίο.